港湾管理者が港湾を管理運営するために必要な水域のことです。国土交通大臣又は都道府県知事が港湾管理者となるべき関係地方公共団体に対して認可した水域であり、港湾管理者が港湾法により管理権を行使する区域の一つです。（他に臨港地区や港湾隣接区域があります）

　港湾区域の認可によって、（１）港湾施設となるか否かの地域的範囲、（２）港湾管理者が業務を行う地域的範囲、（３）工事等の許可を行う地域的範囲、（４）入港料を徴収する場合の地域的範囲を区分する効果が生じます。

　なお東京湾の主要港の港湾区域は下の図の点線部分となります。

【東京湾環境情報センターホームページより】