水質改善を目的とした「東京湾蘇生プロジェクト」などの展開に伴い、昭和52年度から行われてきた水質調査は、平成15年度より一層の充実が図られました。調査項目を7項目から13項目に、調査地点も5地点から6地点に。さらに、表層（海面下0.5m程度）と底層（海底面上1m程度）に加え、中間層での調査も追加しました。
| 調査項目 | 特徴 | 調査方法 | 調査頻度 |
|---|---|---|---|
| 水温 | 海洋構造(躍層の形成など)の把握 | 自動測定装置 | 月1回 |
| 水色* | 赤潮や青潮の発生を確認するための指標 | 目視 | |
| 透明度 | 水のきれいさの指標 | ||
| 浮遊物質量(SS) | 生物が生息するための目安 | 採水・分析 | |
| 濁度 | 濁りの程度を表す指標 | 自動測定装置 | |
| 溶存酸素量(DO) | 赤潮など異常現象の把握の目安 | ||
| 化学的酸素要求量(COD) | 有機物汚濁を確認する指標 | 採水・分析 | |
| 全窒素(T-N)* | 富栄養化の指標 | ||
| 全りん(T-P)* | |||
| クロロフィルa* | 植物プランクトンなど藻類の存在量の指標 | 自動測定装置 | |
| 塩分 | 海洋構造(躍層の形成など)の把握 | ||
| 水素イオン濃度(pH)* | 赤潮など異常現象の推察に活用 |
＊印の調査項目は、平成15年度から追加した項目
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