第三海堡の建設工事は、徹頭徹尾、波浪との闘いに終始しました。工事は、明治25年（1892）8月の捨石から始まりました。捨て石の上に割栗石を積み上げ、満潮面上はコンクリートで固めて堤防を築きました。堤防の内部には砂を充填しました。砂地盤の支持力を測るため、載荷試験を行い、地盤許容支持力を18トン/m2と定めました。しかし、このように苦労して築いた堤防も、明治32年（1899）10月、35年（1902）9月の高波によってあっけなく破壊されてしまいました。度重なる高波による破壊に対して遂に100〜150トンのコンクリートブロックを据え付けましたが、これも明治44年（1911）7月の高波によって破壊され、5名の行方不明者を出す被害が発生しました。そこで、長さ14m、高さ7m、上幅4m、底幅6m、重さ1,500トンの鉄筋コンクリートケーソン13函からなる防浪堤を前面に据え付けることとしました。ところが、大正6年（1917）9月の高波により、6個は移動し、6個は傾き、原位置にとどまったのはわずかに1個という惨状を呈しました。これに対して、重さ35トンのコンクリートブロック713個を投じ、ようやく安定を得ることができました。第三海堡は明治45年（1912）3月に竣工予定でしたが、ようやく竣工したのは大正10年（1921）のことでした。明治40年（1907）までの工事費だけで249万円（現在の価格で約140億円）もかかっています。

　 第三海堡には、15cmカノン砲4門、10cmカノン砲8門の大砲と探照灯などが装備されました。面積は34,000m²でした。

■レンネ少佐の見立て■

明治34年（1901）、築城本部長であった石本新六中将は、築城の大家、ドイツのレンネ少佐に建設中の第三海堡工事を視察してもらい、この事業の成否について意見を求めました。レンネ少佐は、「世界中でこのような深い海中に構造物を建設した例はない。第三海堡のように、波浪強大な外海に直面した水深40m以上の海中に建設するのはむしろ無謀である。したがって、この完成のためには最善の注意と周到な準備が必要である。沈降を減らすためには、基礎上に砂を盛って圧力を加え、砂層を圧迫するのが良い。」と述べました。当時、世界的に見ても稀な大工事だったことが分かります。

■関東大地震による軍事機能の喪失■

大正12年（1923）9月1日、関東大地震が発生しました。これにより、東京湾海堡も被害を受けました。水深の浅い第一海堡は小さな被害でしたが、水深の深い第三海堡は大被害を受けました。水深が中間の第二海堡は、中被害でした。第三海堡のコンクリ−ト構造物はほとんどが海中に転落あるいは傾斜してしまいました。ただし、不等沈下対策が良く行われていたため、軍事施設・建物には一つの亀裂も発生しませんでした。

　 関東大地震直後、被災して沈下した第三海堡の写真が残されています。これが第三海堡の全貌をうかがわせる唯一の写真です。

　 第三海堡は、4.8mも沈下し、施設の1/3が水没して機能を失ったので、大砲は撤去され、軍事施設から除かれました。第三海堡が修復されなかったのは、大砲の技術が進歩し、第三海堡の位置には砲台が必要なくなったからです。

　 しかし、その設計・施工の体験は、その後の海洋港湾工事に大きな教訓として残され、数々の有益な示唆を与えました。東京湾海堡は、今日、全国の港湾で行われている人工島建設の先駆として大きな意義を示していたのです。

■海難事故の多発■

第三海堡は波浪により崩壊が進み、なかば暗礁と化してしまいました。また、第三海堡は浦賀水道航路に接しているため、付近の水域では、座礁事故ばかりでなく、第三海堡を避けようとする船が他の船と衝突する事故がしばしば起こっていました。

主な海難事故

昭和49年（1974）以降、東京湾口整備事業が開始された平成12年（2000年）までの26年間に、東京湾口で発生した主な海難事故は15件あります。そのうち、第三海堡に関連した事故は11件あり、暗礁化した第三海堡が東京湾口での海難事故の大きな原因であることが分かります。

・	昭和50年（1975）11月29日　まき網漁船Ｉ丸に進路警戒船に誘導されたＣ号（74,512G/T）が衝突。まき網漁船Ｉ丸が転覆し、乗組員22名が海に投げ出されたが、全員救助された。
・	昭和52年（1977）12月2日 浦賀水道南航中の貨物船Ｃ号（3,309G/T）が第三海堡に座礁。
・	昭和53年（1978）9月21日 浦賀水道南航中の米軍艦L号（7,800D/T）が第三海堡に座礁。燃料タンクを損傷し、ごく少量の重油が流出した。
・	昭和58年（1983）10月19日　タンカーE丸（328G/T）が第三海堡に座礁。
・	昭和60年（1985）12月10日　横須賀港帰港中の米軍艦Ｒ号（3,900D/T）と貨物船Ｓ号（3,300G/T）が浦賀水道No.5ブイ附近で衝突。米軍艦から重油50klが流出した。
・	昭和63年（1988）7月23日　海上自衛隊潜水艦「なだしお」（2,250D/T）と遊漁船「第一富士丸」（154G/T）が衝突。遊漁船「第一富士丸」が沈没し、乗客28名と乗組員2名が死亡した。
・	平成元年（1989）8月3日　自動車運搬船Ｓ号（41,600G/T）と貨物船Ｓ丸（495G/T）が衝突。そこへ他の自動車運搬船T丸（1,674G/T）と貨物船Ｔ号（1,045G/T）が次々に多重衝突した。
・	平成2年 （1990） 3月27日　浦賀水道南航中の貨物船O号（3,100G/T）が第三海堡に座礁。
・	平成2年（1990）4月24日　浦賀水道南航中の貨物船F丸（500G/T）と貨物船S号（2,800G/T）が相次いで第三海堡に座礁。
・	平成5年（1993）10月13日　浦賀水道南航中の貨物船N号（7,305G/T）が第三海堡に座礁。
・	平成6年（1994）8月22日　浦賀水道南航中の貨物船R丸（689G/T）が第三海堡に座礁。